Ferdinand (1578-1637) wird 1578 in eine Nebenlinie des Hauses Habsburg geboren. Für seine Cousins Kaiser Rudolf II. und Kaiser Matthias ist Religion eher ein machtpolitisches Instrument; Ferdinand dagegen, ist ein fast schon fanatischer Katholik.
Ihm ist das Mitspracherecht des evangelischen Adels ein Dorn im Auge, Ferdinand setzt auf Rekatholisierung. 1617 wird er zum König von Böhmen gekrönt, ein Jahr später auch in Ungarn. Beiden Reichen war Religionsfreiheit zugesichert worden. Doch kaum ist Ferdinand König, missachtet er die Zusicherung. Das führt in Böhmen zu Aufständen und zum Prager Fenstersturz, der zum Auslöser des Dreißigjährigen Krieges wird.
Nach dem Tod von Kaiser Matthias, wird Ferdinand 1619 in Frankfurt zum Kaiser gekrönt. Gleichzeitig verliert er die Königswürde in Böhmen an den protestantischen Kurfürsten Friedrich V. von der Pfalz.. Der Kaiser braucht Unterstützung im Kampf gegen die Protestantische Union. Also verbündet er sich mit Herzog Maximian I. von Bayern und der Katholischen Liga.
Im November 1620 kommt es zur Schlacht am Weißen Berg. Auch dank der Unterstützung des böhmischen Feldherren Wallenstein, tragen Ferdinand und die Katholiken einen Sieg davon. Die Protestantische Union ist geschwächt und Ferdinand versucht, die Gegenreformation weiter voran zu treiben. 1629 erlässt der Kaiser das sogenannte Restitutionsedikt. Das fordert die Rückgabe aller Kirchengüter, die seit 1552 säkularisiert worden waren.
Seine kompromisslose Politik gegenüber den Protestanten ruft erst Dänemark, dann Schweden auf den Plan. Gegen die Dänen kann sich Ferdinand dank Wallenstein behaupten. Doch weil der Feldherr den Katholischen Adligen zu mächtig geworden ist, drängen die auf seine Absetzung. Ferdinand kommt dem Drängen nach. Als die Schweden 1630 in den Krieg eintreten, braucht der Kaiser Wallenstein und sein Söldnerheer wieder. Wallenstein nimmt eigenmächtig Friedensverhandlungen auf und wird von Ferdinand wegen Hochverrats verurteilt.
Der Kaiser setzt durch, dass sein Sohn Ferdinand III. den Oberbefehl des kaiserlichen Heeres übernimmt.. Der Krieg gegen die Schweden stagniert. Ferdinand ist jetzt bemüht, dem Krieg ein Ende zu machen und beginnt Verhandlungen mit den Protestanten aufzunehmen. 1635 kommt es zum Prager Frieden mit Sachsen, ein wichtiger Schritt auf dem Weg den Konflikt zwischen Protestanten und Katholiken innerhalb des Reiches einzudämmen.
Ferdinand geht es gesundheitlich immer schlechter. Eine seiner letzten Amtshandlungen ist es, seinen Sohn Ferdinand zu seinem Nachfolger zu machen. Am 15. Februar 1637 stirbt Ferdinand II. in Wien.
